La Slovenia è raggiungibile anche via mare. Il traffico passeggeri internazionale passa per i porti di Capodistria, Isola e Pirano. Durante la stagione turistica a Capodistria approdano anche navi da crociera e la costa slovena dispone di porti turistici e ormeggi per imbarcazioni private. Se l'imbarcazione proviene da un Paese esterno all'area Schengen, occorre rispettare le procedure di controllo di frontiera prescritte. Capodistria e Pirano sono punti di controllo di frontiera marittima internazionali. Prima dell'arrivo verificate le condizioni di ormeggio e di registrazione dell'imbarcazione, dell'equipaggio e dei passeggeri presso il porto scelto o le autorità competenti.
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